该剧的的主题是外星人，特异功能以及种种科学不能解释的超自然现象。联邦调查局探员mulder因妹妹在8岁时的遭外星人人绑架失踪，从此对外星人以及种种超自然现象的存在深信不疑。而他的搭档scully探员对怪诞现象心存怀疑，她认为没有科学不能解释的东西，只是你还没有找到相应的方法而已。这对各持己见的搭档不断历险，不但要和似有似无的外星人，怪物，杀人狂魔周旋，还得对付政府部门的黑手。

     X档案是联邦调查局的一个部门，那里面贮存着几十年来遇到的无法解释的超自然现象案件……两位联邦调查局探员追查一桩又一桩非同寻常的案件。特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。特别探员Dana Scully在工作的过程中，看到了许多无论科学或是逻辑都解释不通的事情，她的信仰受到了考验，她渐渐开始相信外星生命的存在。